In seiner letzten Inkarnation war er der erste Missionar, den Ignatius von Loyola aussandte. Er war sehr fromm und widmete sich der Erlösung von Seelen Er war auch in China, Japan und Indien missionarisch tätig. Zusammen mit Dom Inácio von Loyola gründete er den Jesuitenorden und schrieb viele Briefe die Dom Inácio kopierte, verbreitete und die auch in Kirchen vorgelesen wurden, da sie außergewöhnliche Beispiele seines Lebebens enthielten. 

Franz Xaver wuchs in einer adeligen baskischen Familie in Navarra auf. Er studierte an der damaligen besten Universität Europas Sorbonne in Paris und traf dort Ignatius von Loyola. Ignatius Ignatius bei seinen Studienkollegen für ein Leben aus der Kraft des Glaubens. Dabei verwendeten sie "Geistlichen Übungen", dendie sogeannten Exerzitien, in denen sie intensiv und mehr als für sich selbst üblich sich dem Gebet und der Besinnung widmen. Es bildete sich eine Gruppe Gleichgesinnter mit sozialem Engagement für die Armen und Kranken und einem einfachen Lebensstil. Später enstand daraus die Gesellschaft Jesu, der Orden der Jesuiten. 

Franz Xaver zog in Abstimmung mit dem damaligen Papst elf Jahre lang durch Asien und gründete in Goa die erste Jesuitenniederlassung, das St. Pauls-Kolleg. Hier wurden einheimische Jugendliche ausgebildet. Er half den Armen und Kranken, unterrichtete Tausende im Glauben und taufte sie. An der Südküste Indiens verteidigte er die Fischer gegen die Perlmuschel-Ausbeutung durch die portugiesischen Händler. Er bereiste Malakka (heute Malaysia, Indonesien) und Japan. Auf dem Weg nach China verstarb er 1552 im Alter von 46 Jahren auf der Insel Sanzian vor dem chinesischen Festland. 

Sao Francisco Xaviers's verkündete mit unerschöpfliche Eifer das Evangelium. Die Menschen waren beeindruckt von seiner inneren Kraft, mit der er Gott verkündete und von seinem selbstlosen Dienst an allen Menschen ohne Unterschiede.